こんにちは。

1.パース線はあくまでガイドなので、それに沿った線を引くだけでは無機質な感じになります。
実際は木箱の釘が浮いて板に隙間が出来ていたり、塀や壁が欠けたり崩れたりして直線というわけではありませんよね？
ガイドを無視するということではなく、ガイドを意識しながら変化をつける…というイメージでしょうか？

2.その方が解説しやすいからで、実際は画面の外に消失点がある一点透視の構図も多々あります。
もっとも卵が先か鶏が先かという話で、どんな構図も真ん中に消失点があってあとはトリミングしているだけ…とも言えます。

3.だいたいそんな感じですね。
高層ビルとかだと3点透視もありますので。
この辺はカメラワークの問題にもなってきます。
広角レンズで近くから撮るのか、望遠レンズで遠くから撮るのか。広角だとパースが強く出て、望遠だと薄れます。
実際は2点透視的な構図であっても片方は殆ど無視して良いから実質1点透視で…とかすることもありますね、そういえば。

4.はフィーリングでやっちゃってますね。

5.パースが効き過ぎてるなと思ったら消失点をより遠くに持って行く…くらいのことはしますね。
カメラで言うところのちょっと望遠よりのレンズに変えた、ということです。

構図を作るときは、肉眼のイメージではなくカメラのレンズのイメージで作った方が泥沼にはまらずに済む…と思うんですが、カメラ沼にはまってしまいかねないリスクがあってですね…。

こんにちは、パース難しいですよね。
仕事で背景を書いた事もあるので、参考になればと思いコメントさせて頂きました。

（1）他の方もおっしゃってますが、パースはあくまで書きたい背景の補助線だと思って下さい。
ザっとラフで書いてみてから、アイレベルがおかしくないか、消失点がずれてないか
清書をするさいに答え合わせをするような感覚で使うと、殺風景な絵を脱却できると思います。
一番最初に質問に使用された絵もみましたが、雰囲気のよい背景ですね。
この絵のように一度ラフを自由に書いてみて、その上にパースを引いてイメージを崩さぬよう直したらいかがでしょうか？

先に（3）の質問を答えさせて頂きます。
＞画面に対して平行に向いているなら1点、角度がついているなら2点という解釈で宜しいのでしょうか。
そのような解釈であっています。

＞その場合、1つの絵で1点透視で描かれた物と２点で描かれた物が共存しうると考えていいのでしょうか。
その通りです。物は全て真っ直ぐ平行に並んでいるわけではありません、乱雑に置いた本はそれぞれに別々の消失点がついています。
1点透視で書かれた平行に置かれた机の上に、本が斜めに置かれていたらその本は2点透視で書く必要があります。

（2）1点透視法の消失点が真ん中に来るのはもう一辺が平行な線、つまり物体を真正面からみているからです。
真ん中より消失点が左右に動くと言う事はカメラが左右に動いていると言う事、つまり物体を斜めから見る事になり、
厳密には平行な線に角度が付いてしまう＝２点透視が必要になるので1点透視法では書けなくなってしまいます。
ただし、大きく消失点を動かさない、たとえばトネリコ さんの1枚目程度のアングルの差であれば
見ため的にはあまりおかしく感じないので、イラストでは真ん中でない位置に使用する場合もあります。
yuiyuiさんもおっしゃってますが、その場合は絵や写真をトリミング（一部分を切り取る）しているんだと思って下さい。
本来1点透視の消失点はレンズの真ん中に来るはずです。
ですが写真として現像した後、写真の右側を切り取ってしまえば、切った写真の消失点は右寄りの位置になりますが、
それでも絵としてみればおかしくは感じないと思います。

先に（5）の質問に答えます。
人間の目やレンズは曲面で出来てる為投影される映像も湾曲しており、画面の端に行く程歪みを生じます。
普段、視界の端はほとんど意識をしないためあまり気がつかないだけです。
この場合、歪みを取り除く為にパースを大きめに取り、真ん中のいつも視野に入るであろう
”あまり歪んでいない部分”を書いた方がいいかと思います。
歪んでいると思うと言う事は違和感を感じると言う事です。
絵は”それらしくみえる”ことの方が相手に伝えるのに大事だと思います。
時には嘘でも誇張したり、省略したりといったセンスや技術も必要ですし、
消失点から引いた線だって、現実では人間の目には真っ直ぐに見えてはいないはずだけど、絵では真っ直ぐに引くのです。
パースはあくまで擬似的に本物っぽく見せる手法で、それが絶対ではありません。

（4）パースは擬似的にリアルで見せる手法、と書きましたが。
トネリコさんの疑問に思われた事は一応計算で出せます。
「建築 パース 書き方」で検索すると細かい書き方が出て来ると思いますが、
とても大変なため、マンガやイラストではあまり使っている人は少ないかと思います。
"それらしくみえる"事が第一なので実際に立方体をデッサンしたり、
実物を目で見て、覚えて、その知識で絵に起こすのがいいかと思います。

ただ"角度"に関しては2点透視で消失点を引けば自ずと割り出せるはずです。
最初から消失点を考えようとするのではなく、イメージで立方体を書いてからそれを修正する為に水平線、消失点を改めて上から書きたし修正してみて下さい。
ちなみに、この角度は立方体が下の方にあれば鋭利になり、上の方にあれば広くなるので、立方体の形がどうのと言う事ではなく、目線に対する物の高さによって変わります。

あまりに角度が付きすぎておかしく見える場合、それは視界の外側の歪んだ部分になってしまっているので。
消失点を離してパースに余裕を持たせて下さい。

最後に、パースの専門書ではないのですが、「10年メシが食える漫画家入門」と言う本に視界の歪みなどがわかりやすく書いてありました。
値段も手頃で、本の半分がパースをはじめとしたデッサンの事の事になっています。（残りは漫画のストーリーなどに関してなのですが）
また、ネットで見れる物では「ラフノートHowTo」「嘘パース講座」などがわかりやすいです。
パースが難しすぎる！と感じてしまっているなら見てみると肩の荷が降りるかと思います。

とっかかりは難しいと思いますが一つずつ習得して行けば大丈夫です。頑張って下さい。