時空神話帝国ネヴァーリア　あらゆる世界に出現し、その世界が生き残るにふさわしい世界かを見極める為に試練として幾度も時空神話獣を世界の災いとして送り込んできた。 その世界の災いである時空神話獣を別の次元ゲートから指定した世界に呼び寄せる役割を果たすのが時空神官と呼ばれるネヴァーリアの上級幹部的な存在！ その一人である時空神官アーゲイトは、時空神話獣ギルガンチェアを召喚し、海を超え、まもなくフィルベリア大陸（仮名）に上陸しようとしていた。 時空神話獣ギルガンチェアがまもなく国境を通過しようとしたその時、この世界を救うべき奇跡のヒロイン達が現れたのだった。 彼女達は、従来の魔法少女とは異なる獣騎少女（仮）部隊ナイトエレナリアを名乗った。 ナイトエレナリアの戦士レナリス、アルネール、リゼリアがギルガンチェアと交戦する中、ただ一人時空神官アーゲイトに向かって来る者がいた。 冥獣騎士ルギナ！　彼女は、かつてネヴァーリアに滅ぼされた星エレナリアの王女だった！ 復讐に燃えるルギナは事件の引き金であるアーゲイトの討伐を図ろうとするのだが・・