ドラえもんがいる未来の京都。一般市民は五重塔の上に建設された空中居住区に住んでいる。京都最古からある京町屋街は記念保護地区に指定されており、現在では一部の生粋の京都人しか住まう事が許可されていないという。保護区の治安維持を任された京警視局特殊部隊の青年二人組は祇園祭を巡察中のところ。