艦これ世界で人類が瀕している最も重大な危機というのは「ある日突然、外洋が全てバミューダトライアングル化してしまったこと」である。船舶で航行していると、意図しない場所にいきなり着いたり、同じ場所をグルグル回ったりしてしまうようになってしまった。人工衛星や航空機で原因を探っていたら、「いきなり夜になったりする海域」など奇妙な現象が見つかって、さらに探っていたら人間サイズの謎の存在から攻撃を受けるようになった。それが深海棲艦で、人類は掃討を試みるがそもそも攻撃しようにも「まともな航法術が確立できないので、索敵や遭遇が困難」であり、うまく出会って破壊して沈めてもなぜかすぐに再生してしまう。

困っていたところに人類側に協力的な存在、艦娘が現れる。彼女達は独自の技術体系を有していて、深海凄艦を浄界することを目的としていたので、人類は共闘を申し入れた。

彼女達は目的こそ深海凄艦の浄界だが、そのために必要な戦闘行為を自らの判断で開始できない、という性質を有していた。開戦のトリガーとしてヒトの意志が必要なのである。これは彼女達の前身がヒトに創造された武器であることに起因している。

このトリガーを得るためヒトとの意志交換が容易くなるように、彼女達は前身（船）にヒトが設けていた艦内神社のキズナネットワークを用いて分社元の神社へ探りを入れ、コミュニケーション用ユニットとしてのヒトの肉体を海水成分から錬成した。なお女性の姿である理由は、神社を管理する存在＝宮司ではなく、神社に仕える存在＝巫女を元にしたからである。（彼女達の中には、自らがなぜヒトの姿をしているか理解している者、理解していない者、の両方が居る。）

彼女達の技術の中で最も人類が欲していた技術が羅針盤能力である。迷うことなく望む場所に一瞬で移動できるバミューダルート（ジャンプポイント）を指し示す技術で、艦娘達はこの能力を用いて「次に出現可能なポイントの候補」群をある程度感知して「瞬時に移動」することができる。実はマップ上にある点線部分の航路は現実空間ではなく、この間は艦娘は時間経過のない異世界を通過している。（数時間で東京急行が終わるのはこういう理由があるから。）しかし、同行する僚艦の総質量や艦種によってどの候補に出現するかは勝手に定まってしまう。人類はこの能力をエミュレートして人類側兵器の参戦を試みたが、失敗に終わった。強力な戦略型原潜を艦娘に同行させて核攻撃による深海凄艦艦隊の殲滅を試みたのだが、艦娘の先導でバミューダルートに突入した人類側兵器は、従来通りに全くランダムな外洋に瞬間転移してしまったのである。羅針盤能力を持った存在「のみ」でなければバミューダルートを活用できないことが判明し、深海凄艦に対抗できる勢力は艦娘のみということが確定した。

艦娘達の最終目的は、自らの半身である深海凄艦と同化して、「元の姿」に戻り、バミューダルートによって無茶苦茶になっている地球の時空構造を元の姿に戻すこと。（このあたりオーガスの特異点みたいなものなのでは。）