取り敢えず組織増えすぎ。頭痛が痛いと思いますのでちょっと箇条書きしてみよ-かと思います。
①〈アイオーン〉：ティニと敗残兵ズ。
　パイロットとしてクロとルナマリア。
　アメノミハシラと仲良し。エヴィデンスのもたらした『星流炉』搭載型がウリ。

②〈ファントムペインくずれ〉ライラさんとねーちゃんズ。
　パイロットとしてライラ、エクステンデッドクローンズ。それにシンが追加。
　超圧倒的湯水の如き銭によりMS使い放題＋人足まで量産し放題。…そー書くと最強戦力に思えるが…。統合国家に認知された瞬間駆逐対象決定なので暗躍。

③〈L1第8組ファクトリー〉：トールのお父さんとベトレイヤーズ。
　パイロットとしてケイン・サトー、技術員にサイ、サーバ使いN/A
　空間認識能力者ケインのプロヴィが豪華だか地上に降りては悲しい戦力。ウリはティニと同じくターミナルサーバから無尽蔵に情報を引き出すN/Aの存在。

④〈地球圏反統合国家オーブ〉：地球連合を喰ったオーブ。FP組をぶっちぎる物量で世界を支配。
　だがアスランに逃げられムウを持ってかれた今ぱっとしない感じ…。

⑤〈プラント〉…えーと、説明いらないよね？


1st（１～68話）では①VS(④＋⑤)、②が暗躍、③は①の躍進に乗っかろうとしたがほぼ出番なし―で話は進んでましたが

2nd（69話～）がアスランが独立、シンが①から②に移動…と、この時点でややこしいのに①の手広さが余計混乱に拍車か。Vol１８時点の状況は以下のようでしょか。
①
・クロ：プラントにスパイ
・ルナマリア：地上で洗脳兵教育というか普通に兵士
・ティニ：アイオーンと月でなんかかなり怪しいことをしている

②＋③
・シン達＋サイ達：ロゴスの資産回収中。軍備増強？

④＋⑤
・キララク＋カガメイ：頑張れ対処療法

・アスラン：④から逃げ回りつつターミナル潰し

フ…３分でわからん。収拾付けろよオレ…。