すいません。アドバイスラウンジでの質問に返信あったのに今更気が付きましたので、ここで失礼ですが返答しておきます。
線画の段階ということはペンの設定を変えてみるということでしょうか、
いまの段階だと十六さんの絵は迷い線があるので（絵によってはそれが味になる場合もありますが、目標がアニメ塗りとのことなので）、それがない状態にしてみよー、というくらいのノリです。そこまで気にしなくても大丈夫です。

影レイヤーはレイヤー分けをしたあとにまとめて影レイヤーで色をつけていくということでしょうか？

そうです！まっ黒で塗って透明度で調整というのがわかりやすいです！

影の色の選択に悩むところがありますご指摘頂きたいですよろしくお願い申し上げます。

ぶっちゃけボクも迷い中です。なので自分の話で恐縮ですが、ボクはいまのとこ肌はオレンジベース、その他は赤黒ベース、無機質なものは青黒ベースというようにしています。参考までにー。